Clos de Vougeots historia går tillbaks till slutet av 1000-talet då ett klostret byggdes i området. Redan år 1110 fick munkarna en bit mark som gåva och planterade den första vingård. År 1336 färdigställdes den omkringliggande muren. På 1500-talet tillkom Château du Clos de Vougeot som en utveckling av det lilla kapell som tidigare stått på platsen.  Vid den franska revolutionen så beslagtogs all kyrkans mark och auktionerades ut som statlig egendom. 

Clos de Vougeots, med sina dryga 50 hektar vingårdar är den största grand cru-vingården i Côte de Nuits och efter revolutionen så kom den att vara ett monopol (det vill säga ägas av en enskild ägare) fram till 1889, när familjen sålde av sitt innehav till 6 olika köpare. Idag har vingården mer än 80 ägare.

Tack vare sin storlek så är Clos de Vougeots inte att anse som en homogen vingård – vanligtvis brukas den delas upp i tre segment. Den bästa delen anses vara den i närheten av slottet på den övre delen av sluttningen. Jordmånen här består av kalkig och grus jord på kalksten med mycket god dränering. I mitten av sluttningen finns en blandning av mjukare kalksten och grus med genomsnittlig dränering och generellt sett brukar vingårdar på denna sorts sluttning klassas om premier cru i Bourgogne. Längst ner på botten av sluttningen finner vi de blötaste och mest lerrika jordarna.